¿Existe alguna limitación en el número de archivos que pueden ser subidos por FTP?
Sí, existe una limitación. No es posible subir más de 10000 archivos en un mismo directorio ya que el servidor no podrá visualizar todos los archivos.
Asegúrate de organizar tus directorios de acuerdo a lo anterior para poder prevenir incidencias en el futuro.